La mappa del “Retratto del Gorzon” - commissionata dai 'Provveditori sopra li Beni Inculti' di Venezia - descrive con notevole precisione la situazione cinquecentesca del territorio compreso tra l’Adige e i colli Euganei, differenziando le aree aventi quote altimetriche diverse.

Tra le “terre vecchie” (di più antico utilizzo agricolo in quanto più alte) figura il centro della località “Villa di Villa”, ora Villa Estense, coltivata in prevalenza a vigneto.

Nell’isolato dell’attuale palazzo San Bonifacio sono leggibili un edificio con merlature e una torre di guardia (rivellino).

Rispetto a tale preesistenza, nella seconda metà del XVI sec. interviene con la costruzione di un palazzo il Canonico Ercole San Bonifacio, componente di una famiglia di origine franca qui insediata (che secoli addietro aveva preso parte a battaglie schierandosi con i guelfi). Influenzato da studi compiuti sui monumenti romani dalla cerchia di Alvise Cornaro, intende dare al nuovo edificio le sembianze di una villa presente sul lungotevere (villa Chigi, poi passata ai Farnese, progettata da Baldassarre Peruzzi).

Palazzo San Bonifacio, che ha mantenuto la forma originaria, è tuttora abitato e reso in parte disponibile per iniziative culturali aperte al territorio.